Nació en San lorenzo, tiene 1,94 de altura, se inició en el Club Municipal de su ciudad natal. En infantiles jugó en el club sanlorencino Barrio Vila junto a Javier Mascherano
Pereyra formó parte de las divisiones inferiores de los equipos rosarinos de Newell's Old Boys en primer lugar y luego de Rosario Central. Con 17 años llegó a las divisiones inferiores de Boca Juniors, donde fue seleccionado por Jorge Griffa.
En el 2005 jugó en Escuela de Fútbol de San Lorenzo (ex club Municipalidad de San Lorenzo) ganando con la Copa de Interligas de clubes de la provincia de Santa Fe en el mismo año. Juan Pablo al tener una destacada actuación en la Copa de Interligas pasa a jugar la Liga Cañadense de Fútbol jugando para Huracán de Bustinza.
Luego paso por la Liga Casildense de Fútbol, jugando para Club Atlético Sanford, después de ser figura en las ligas del interior de Santa Fe es contratado por el club El Linqueño para participar del Torneo Argentino B.
En el 2006 llegó a Tigre de la mano de Ricardo Caruso Lombardi para un año después ascender a la Primera División y convertirse en uno de los goleadores del equipo que dirigía Diego Cagna.
En agosto de 2007 llegó al Nacional de Montevideo convirtiendo un gol en su primer partido con la camiseta del conjunto uruguayo. Disputó la Copa Toyota Libertadores 2008, donde estuvo presente en 6 partidos.
En agosto de 2008 se traslada a Atlético Tucumán, con el que logró el ascenso a Primera División. Consumado el descenso del equipo Decano, se incorporó a Estudiantes de La Plata, club con el que logró el Torneo Apertura 2010 jugando de titular 8 de los 19 partidos que llevaron al pincha a lograr un nuevo título.Fue convocado por Diego Armando Maradona para el amistoso de la Selección Argentina frente a Jamaica el 10 de febrero de 2010, pero una lesión en la nariz le impidió viajar a Mar del Plata con la delegación.
Su debut llegó el 5 de mayo de 2010 en una victoria frente a Haití por 4 a 0, en la ciudad de Cutral Có. Ese día reemplazó a Martín Palermo a los 20 minutos del segundo tiempo.
En el 2012 volvió a Atlético Tucumán, en su regreso convertiría en la fecha 4 ante Defensa y Justicia en la goleada 5 a 2, su gol más importante fue a San Martín de Tucumán, por la Copa Argentina.
En la temporada 2013 pasó a Ferro Carril oeste; en el 2014 pasó medio año por Almirante Brown y luego a Mitre de Santiago del Estero. En la temporada 2015 viaja a Mendoza para sumarse a Independiente Rivadavia de esa ciudad. En el 2016 fue a Colegiales, en la temporada 2017 jugó el torneo de la primera "c" para Central Córdoba de Rosario y en el 2018 llegó como refuerzo de Campaña de Carcaraña, donde se fue la "Gata " Tedesco a Central Córdoba.
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