Se inició como volante en las inferiores del Unión FC de Totoras donde jugó hasta el año 1999. Obteniendo 4 campeonatos de inferiores y saliendo en 2 de ellos Goleador.
El 29 de mayo de 2005, Nicolás Domingo debutó con la camiseta de River Plate en la Primera División con derrota frente a Gimnasia y Esgrima La Plata por 2-1, en la jornada 15 del Torneo Clausura 2005. En ese mismo partido también debutó Gonzalo Higuaín. Su primer tanto lo anotó contra Gimnasia y Esgrima de Jujuy. Se consagró campeón en el Torneo Clausura 2008.
En julio de 2008 se fue a préstamo por 6 meses a Genoa, de Italia retornó a River Plate en enero de 2009 hasta fines de ese año. En enero de 2010 fue cedido a préstamo a Arsenal de Sarandí por 6 meses sin opción de compra.
El 5 de agosto de 2010 fue cedido nuevamente a préstamo a Peñarol de Uruguay por un año, equipo con el cual logró llegar a la final de la Copa Libertadores 2011 obteniendo el subcampeonato de esa copa internacional, obtenida por el Santos, equipo donde en aquel entonces aún militaba Neymar.
En 2011 volvió a River Plate, esta vez para ayudarlo a volver a la Primera División de Argentina, consagrándose campeón. A mediados de 2012 y habiendo terminado contrato con River, es contratado por el Deportivo Cuenca de Ecuador, a préstamo por un año sin opción de compra.
Luego de vencerse su contrato en Ecuador, su nuevo equipo fue Banfield de Argentina, a mediados del 2013, que militaba en la Primera B Nacional. En el club también se consagró campeón, devolviendo al club del Sur a la máxima categoría de ese país, al finalizar la primera temporada. Y Habiendo logrado la Clasificación a la Sudamericana 2016.
Luego de clasificar a Banfield a la Copa Sudamericana para el 2016, llegó a un acuerdo con ambas dirigencias para rescindir su contrato con Banfield a 6 meses de vencerse, costo que se hace cargo su nuevo equipo, con quien firmará para jugar nuevamente, a partir de enero de 2016.
El 4 de enero de 2016, firmaría contrato por 4 temporadas, nuevamente con River Plate, para disputar la temporada 2016 del fútbol argentino y la Copa Libertadores 2016. El 14 de febrero de 2016 haría su segundo gol en su cuarto ciclo con los millonarios, en la derrota 3-2 contra Belgrano, siendo de este el primer gol, pegándole desde afuera. Obteniendo la Recopa 2016 contra Independiente Santa Fe de Colombia y la Copa Argentina ese mismo año contra Rosario Central.
A mediados de 2017 rescindió contrato con River y firmó con otro club grande, el Club Atlético Independiente. En el rojo de Avellaneda alterna partidos como titular y suplente. Convirtió su primer gol en noviembre, justamente enfrentando a River Plate, partido que ganaría su equipo por 1-0. Fue Campeón de la Sudamericana 2017 al empatar contra Flamengo en el Mítico Maracaná. a partir de 2018 se convirtió en Referente y Pieza Clave en el mediocampo del Rojo, y del Equipo de Holan siendo considerado un ídolo por la hinchada roja por su entrega y desempeño en el mediocampo de Independiente.
Para la temporada 2020, fue transferido al Club Olimpia de Paraguay. En el 2021 volvió a Argentina para volver a Banfield. Este 2022 volverá a jugar una cpa libertadores con el sorprendente Patronato de Paraná.
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